对于C9 Pro而言，“处处追求高标准”似乎可以非常贴切地形容三星在它投入的心力：这一点当然也体现到了C9 Pro的硬件配置上。
从监测软件AIDA64所显示的硬件配置信息来看，三星C9 Pro配备了高通最新的骁龙653（MSM8976Pro）主控，和骁龙652相比，骁龙653的A72大核心频率从1.8GHz提升到了1.95GHz，性能更强；与此同时内置的基带从X8 LTE升级到了X9 LTE，网络上行速度从100Mbps提高到了150Mbps（Cat 13)。另外，骁龙653的快充技术也升级到了和旗舰相同的QC 3.0技术，充电不仅更快，而且对电池的保护也做得更好。
目前，三星C9 Pro是最早实际上市的骁龙653搭载机——其他品牌虽然也有发布新机，但至今尚未开卖，由此也可以看出三星在业界的影响力和实事求是的态度。除了更强的主控，C9 Pro还配备了高达6GB的运行内存：这也是目前三星旗下少有的6GB运存手机，甚至胜过了定位更高的S7系列。
从GeekBench的CPU部分得分来看。，骁龙653的性能确实已经不输给定位更高的旗舰——无论是单核还是多核性能都超过了骁龙820，这不得不说有些令人吃惊。看起来，三星这次真的非常“认真”，而C9 Pro的硬件计算性能也完全足以保证它的高端性能水准。
除了硬件本身的高性能外，对于Android智能手机，日常使用的体验其实很多时候还依赖于厂商的优化水平。从刚刚对C9 Pro的系统界面解析部分，我们就能发现，三星对这台手机的细节功能优化得可以说是事无巨细。那么，系统底层的优化水平自然也值得期待——事实上，在对优化敏感的VELLAMO测试中，C9 Pro也完胜上代旗舰，而VELLAMO的测试基本上可以反映到日常的许多APP上，因为如淘宝、微博、微信等软件其实都是基于网页代码实现的，VELLAMO的测试项目和此类软件的运行环境十分相似。换句话说，得分更高的C9 Pro，在网购、刷微博、聊微信的时候，确实就能比S6、G4这些上代旗舰手机还要更加流畅。
当然，有些配置并不会影响到跑分，但是却依然影响到用户体验，并且也足以分出厂商间的高下：比如说由三星自研自产的摄像头组件，还有完整的Open CL通用计算加速驱动——前者是研发和供应链实力体现，后者则体现了三星对未来软件方向和技术的前瞻性把控，这些都是很难在一般单纯的手机厂商身上看到的。
