在系统方面，GALAXY C9 Pro使用了基于Android 6.0.1深度定制的TouchWiz UI，采用了全新的Grace UX，系统基本和之前的旗舰Note 7一样，并且还加入了一些连Note7都没有的新功能。
在系统的基本层级上，三星依然还在做减法，官方APP界面和一级菜单变得更为简洁，设置项目明显进行了删减，之前设置页面中多达二三十个的选项让人看着头大，现在菜单栏中现在只剩下15个选项，并用纯白色作为底色，加上小巧的多彩图标，整体风格较为简洁、活泼。
另一个重要的操作界面通知栏也变得更为方便，双层的设计让那些不常用的按钮不再“碍眼”。通知控制上，用户可以在“通知”设置中控制每个应用的信息推送，避免被各类广告和信息骚扰。应用自动运行、调用系统资源等也可以分别进行控制。
为了提升用户的使用体验，三星也在系统中加入了非常多的快捷操作”彩蛋“，比如说截屏这个简单的功能，按下Home键+电源开关之后，不仅可以直接截屏，并且还可以直接选择滚动截屏、绘图、裁剪和分享等操作，用户可以省下不少操作步骤。除此了截屏之外，C9 Pro还支持录屏，还有加强版计算器等细节就要靠大家自己慢慢发现了！
