系统：多智能、更好玩
由于Google官方应用市场的缺位，再加上其他一些无可名状的因素，中国地区的安卓应用程序在节操方面的丧失早已是众人皆知的事实：技术迭代缓慢不说，明目张胆地收集用户隐私，肆无忌惮地自启动，用意不明的后台驻留，莫名其妙的请求定位、发送短信、上传数据包、下载其他程序……往小了说会消耗用户的流量与电量。往大了说便是不寒而栗……
幸好，HTC A9自带了功能完善的安全中心，统括自启、权限、流量、省电、杀毒、通知管理与后台清理等各方面实用特性。
与常见的第三方管理软件不同，HTC A9因为本身的Android 6.0系统就具备原生权限管理接口，因此不需要Root权限就能实现完整的软件管理功能，相比第三方程序，这种集成在系统内部的API（应用程序接口）显然要更稳定更可靠。
除了完善的安全保护，HTC招牌式的Motion Launch感应启动功能也依然搭载在A9身上：与一般手机厂商的手势操作不同的是，HTC Motion Launch会综合手机上多种传感器的数据来判断当前手机所处的环境，从而加快手势操作的反应速度。
举例而言，当手机的距离感应器和光照感应器识别到手机处于口袋中，此时手势感应将自动关闭；当手机被从静止的表面拿起时，若手机处于纵向握持状态，则手机的解锁功能会提前做好准备以加快解锁反应速度；若手机被拿起时处于横向握持状态，则相机会做好准备以应付极速快拍的需求；而当手机被握持在手中但陀螺仪感应到手机屏幕向下时，双击亮屏会自动失效以免误触。
