前面我们也讲到了，vivo X9s的系统版本是Android 7.1.1，不过准确地说，它运行的固件是基于Android系统进行了深度美化和定制的FuntouchOS，而且还是最新的3.1版本。
从界面上来看，FuntouchOS 3.1和之前的版本“画风”基本一致，标志性的仿iOS图标和从底部上拉的控制栏也是我们很熟悉的了。
不过，在系统的“本地化”优化方面，就属于vivo的强项了：Funtouch 3.1中新增了对微信、QQ等常用软件的专属优化调度机制，可以改善图片载入和下拉栏信息环节出现的卡顿。同时，在系统的文件管理层面，这些软件的隐私文件（比如图片、视频）也会被单独列出来。用户无需再到繁杂的目录中去寻找，并可以活用指纹功能对隐私文件进行加密保护，降低隐私泄露的风险。
因为使用了AMOLED屏幕，X9s上我们也看到了息屏时钟功能的加入（AMOLED显示黑色时像素不耗电）。这一特性之前已经在许多使用了AMOLED屏幕的手机上广受好评，而X9s加入息屏时钟，显然有助于更多人体会到这项实用小功能的好处，并且对AMLOED的普及也有重要的帮助。
当然，看过发布会的朋友都会知道，FuntouchOS 3.1一个重要的功能改进就是加入了针对手游的一系列优化功能。包括“游戏免打扰”：开启之后即可在游戏过程中屏蔽悬浮通知消息。游戏过程中若有来电，也不会占据整个手机屏幕，而只是悬浮出一条来电通知，此时可以选择上划忽略、挂断或者接听。而“游戏键盘”则专为游戏中聊天交流所设，游戏键盘通过对键盘结构的重构和优化，以悬浮框的形式显示。可以在输入文字的同时不至于完全离线，在打字中仍然可以了解游戏的进程。
